Gastroenteroloji’de endoskopi, tanı ve tedavi amacıyla sindirim kanalının görüntülenmesi işlemidir. Üst sindirim kanalının endoskopisi esnasında gırtlak, yemek borusu, gastroözofajiyal bileşke, midenin kısımları, pilorik kanal, ve on iki parmak bağırsağının kısımları görüntülenir.
Kolonoskopi adı verilen alt sindirim sisteminin incelenmesi işleminde ise dış, iç hemoroidler, rektum, sigmoid, inen, transvers, çıkan kolon ve çekum denen kalın bağırsak kısımları ve ince bağırsağın son kısmı olan terminal ileum görüntülenir.
